O Plano Plurianual (PPA) é um instrumento legal conforme disposto no Art. 165 §1 da Constituição Federal e no Art. 204 da Constituição Estadual que estabelece as diretrizes, objetivos e metas da administração pública, de forma regionalizada, relacionadas às despesas de capital e outras, delas decorrentes, assim como, para as despesas relativas aos programas de duração continuada. Portanto, o PPA é o principal instrumento de planejamento governamental de médio prazo, construído para ser executado em 4 (quatro) anos. 

O atual PPA da UEPA cujo período de execução é referente a 2021-2023 vêm sendo desenvolvido pelos diferentes setores desta Universidade e acompanhando pela Diretoria de Planejamento Estratégico. Sendo que, toda a execução física e orçamentária é registrada no Sistema Sigplan, criado e implantado pela Secretaria Estadual de Planejamento (SEPLAN), órgão responsável em monitorar o desempenho dos Programas de Governo. 

No PPA 2020-2023 a UEPA tem em seu escopo de atuação os Programas de Governo: Educação Superior, Educação Profissional e Tecnológica, Manutenção da Gestão, Governança Pública, Saúde e Ciência Tecnológica e Inovação, abaixo demonstrados.